本系課程設計的基礎理念在於培養學生具有工業工程與管理( Industrial Engineering and Management , IEM) 的專業工作技能，本系堅信企業界對IEM的功能(如生產管理，品質管理，降低成本…等) 之需求，絕不會消失，反而會隨著今日企業全球化競爭的嚴苛環境演變，企業對IEM人才的需求，將更為殷切，只是傳統IEM的觀念及技術，在二十一世紀的今天，必須加上現代「資訊技術及工具」的輔助，才能適應今天的企業環境，並發揮更大的功能，幫助企業降低成本，提昇品質，提高生產力，乃至於提昇整體的競爭力，例如：運用人工智慧(AI) 技巧於生產管理中，以最佳化生產線排程工作(scheduling)；運用資料探勘(Data Mining) 技術於品質管理中，以輔助並自動化傳統管制圖功能；運用海量資料(Big Data) 處理的技術於行銷管理的領域中，以增進顧客關係管理的效能及開發新顧客的能力等。
因此，本系課程設計的特色，即在於儘量維持IEM本職學能的學習與訓練，並結合適量的理代化資訊處理之技能訓練，以使學生除了具備紮實的IEM基本學養之外，也能利用現代的資訊處理技術，強化甚至創新IEM基本技能在現代企業中的角色。本系所有的師資，都具有與IEM領域密切相關的學士、碩士、及博士學位，多位教師並具有豐富的業界經驗，對IEM本職學能的教學與訓練具有絕對的優勢；此外，本系教師的研究專長，主要也是在運用先進資訊處理技術解決傳統IEM領域的問題。
在上述的基本課程設計理念下，本系的課程架構，是以學生未來工作職別所需的技術能力為目標，從而聚焦於IEM的三種主要專業技能(生產與物流管理、品質管理、及經營管理)之養成，分別詳述如下：
(一) 四技部
在四技部的部份，「生產管理與資訊」，「品質管理與資訊」及「經營(企業)管理與資訊」三個模組的學生，在IEM 的共同核心專業技能皆透過修習院及系的專業必修課程養成(請參考本系的課程地圖)，然後分別透過「生產與物流管理」，「品質管理」及「經營管理」三個模組的選修課程，對各模組的專業技能予以強化，並同時修習「資訊模組」中的課程，以獲得資訊處理的技術能力，而一般模組的課程，則提供學生在現代企業工作中，所需的其他一般技能之修習。
本系以大三下及大四上的「實務專題」課程，作為本系的專業技能整合演練課程(Capstone) ，學生此課程中，將練習如何將所學習的IEM專業技能理論，整合運用於解決一個實務的問題。接著再透過「校外實習」的課程，使學生能在實際的製造業或服務業環境中，進一步觀察、體會、及實作IEM的專業技能。本系並同時輔導並獎勵學生取得與IEM專業技能相關的證照，以強化學生的就業能力。
(二) 碩士班
在碩士班的部份，還是注重IEM三種專業技能(生產與物流管理，品質管理及經營管理)的養成，但是由於碩士班的教育目標主要在培養IEM領域的中高階從業人員，因此在課程架構設計上，除了以論文製作及撰寫課程，訓練學生具有獨立自主學習、思考、並解決問題的能力外，也輔以較高階的資訊工具運用訓練課程，如「人工智慧與最佳化」、 「 模擬學」、 「 資料探勘」等進階的 「 資訊處理工具」；以及 「 最佳化導論 」 、 「 網路與運籌 」 、 「 整數規劃與網路 」 等進階的「數學工具」，供學生依自已的興趣及研究方向選修。
(三) 碩士在職專班
在碩士在職專班的部份，由於碩士在職專班的學生皆已在工作中，因此就學動機大部份皆希望在職涯上能更上一層樓，因此在課程設計上，除了加強與實務較為相關的課程內容，如 「企業實務」 、 「生產管理與實務」 、 「企業經營管理實務」、 「企業診斷實務」，也減少較進階的數學相關課程，此外，並鼓勵學生將自身工作中的實務問題融入論文的研究與撰寫過程中，以強化並整合學生在自己的工作崗位上，與IEM相關的核心工作能力。
(四) 院共通性專業課程規劃
目前所規劃的院共通性課程，包括：經濟學(一)、管理學、會計學(一)、統計學(一)。未來將朝向課程整合之方向發展，則可達精簡人事之效，各系所師資可更專精於其專業之領域，教授相關專業課程與研究。
(五) 跨領域學程
目前已設有(1)「工業4.0營運學程」，供工管系、資管系等系學生共同選讀，為一個培育具備工業4.0營運專業素養及技術能力之管理人才，期望提升學生在智慧營運領域的相關能力；(2)「智慧輔助科技與創新應用學程」規劃下列課程：包括智慧製造、動態文件製作、虛擬擴增實境製作基礎、虛擬創作-VR360、資料安全、智慧機器人理論與應用、物聯網核心技術與應用、人機互動設計與原型製作、3D建模與列印實作等，提供工管系、資管系、機電輔系、多媒體系、資工系之同學修習。